Situada en el costado meridional de las naves, sirve como entrada al museo municipal de las Cuatro Villas de Amaya, dedicado al Medievo.
Se llama puerta de San Miguel por la imagen del Arcángel que adorna la portada.
Alejandro Uribe cree que se construyó con la finalidad de complacer a los vecinos del cercano pueblo de San Miguel de Mazarreros por su incorporación definitiva a la villa de Sasamón.
Se distinguen claramente dos partes: la inferior, con un elegante arco conopial envejecido, con dos grandes agujas; y la parte de arriba, renacentista, que alcanza casi hasta el tejado.
Divide las dos puertas un parteluz con dos Solete y escudo de los Reyes Católicos con el águila, símbolo de San Juan.
Dos ángeles sostienen una cartela con una inscripción de letras góticas que describen el motivo y año de su construcción en 1504. Debajo de la talla de San Miguel, algo deterioradas, destacan cuatro estatuas que son las de San Juan Bautista, San Juan Evangelista, el obispo burgalés Pascual de Ampudia y Fernando el católico.
Adornan las arquivoltas finísimos detalles de ornamentación vegetal, propios del gótico florido.