Covarrubias tuvo murallas que la cercaron por completo. Desde la Colegiata, siguiendo la suave curva del Paseo-solana Princesa Cristina de Noruega, iban hasta el puente sobre el Arlanza.
Desde aquí torcía hacia el Norte, paralela a la carretera, y formando un amplio arco seguían por detrás de la iglesia de Santo Tomás hasta el Archivo del Adelantamiento y desde éste enlazaban de nuevo con la Colegiata.
Se conserva un gran tramo al Sur, junto al cauce del río restaurado y en buen estado que va desde la Ex-colegiata hasta el puente, donde estuvo la torre de la villa que daba entrada a Covarrubias desde el río, representada en el escudo del Municipio y que perduró hasta 1888.
Otro tramo de estas murallas se encuentra en la parte Norte De la Villa, justo detrás de la Iglesia de Santo Tomás, en un lugar llamado “Huerto De Dios”, donde en verano se realizan actividades culturales, como conciertos u Obras de Teatro.
El Divino Vallés mandó derribar las murallas a finales del S. XVI, según dicen para orear la pestilencia de la villa, que en aquellos años era azotada por el Cólera.