La cripta aloja los cuerpos de caídos en la Guerra contra los Estados Unidos de 1898, que fueron entregados por el gobierno de aquél país, una vez restablecidas las relaciones diplomáticas. Existen 32 cajas individuales con restos identificados y una caja con restos de héroes anónimos que fueron recogidos en los cruceros "María Cristina" y "Don Antonio de Ulloa"; el vapor "Argos" y en las inmediaciones de la Iglesia de Baler. Éstos últimos, miembros del Ejército de Tierra, compañeros de los que pasaron a la historia como "Los Últimos de Filipinas".
Aunque existió en el proyecto inicial de 1786, se desechó por su excesivo coste y se excavó en 1920 para este fin concreto.