El Cenotafio es el elemento más cargado de simbología del Panteón. Una piscina redonda que contiene agua de los mares y océanos del mundo traída por nuestros buques, recuerda a los marinos de España que reposan en sus
fondos.
En las paredes, dos lápidas negras sin letras, evocan a nuestros héroes anónimos con la vocación de recoger sus restos en un osario vacío presidido por el Cristo de los Mareantes.
Sobre él, Poseidón y Minerva sostienen el escudo de España. La bóveda muestra a la Virgen María en un Rompimiento de Gloria sostenido por los nombres de todos los buques de la Armada de los que existen registros.