La historia del monasterio se remonta a los años posteriores a la muerte de Santo Domingo de Guzmán, ocurrida en 1221. El beato Manés levantó una capilla en el lugar de nacimiento de su hermano y, en 1266, Alfonso X el Sabio mandó construir una iglesia gótica.

La casa solariega se transformó después en convento para una comunidad de monjas procedente de San Esteban de Gormaz. En el siglo XVI se levantó una nueva iglesia de piedra de sillería, de una sola nave y planta cruciforme, con portada barroca en el lado norte.

El retablo mayor conserva lienzos de Blas de Cervera y un Calvario de la escuela de Gregorio Fernández. La cripta alberga el pocito que señala tradicionalmente el lugar del nacimiento de Santo Domingo. El conjunto conserva además un claustro de origen medieval, una sala museística y un importante archivo monacal.